Хабаровский храм святого благоверного князя Александра Невского, освященный в честь одного из величайших русских воинов и государственных деятелей, был открыт в тяжелые годы войны – 17 июля 1943 года в доме по улице Ударной, 5.

В августе 1944 года общине, по решению Кировского райисполкома от 7 сентября 1944 года, передали помещение хлебного магазина по улице Хорошева, 11. Первым настоятелем стал священник Даниил Ефимович Фурман (окончил Каменец-Подольскую духовную семинарию), а после его ухода в 1944 году на должность благочинного русских православных церквей Хабаровского края, был назначен священник Иван Федорович Дувалкин. Служили в церкви иеромонах Серафим (Протопопов Тихон Митрофанович), монах Воронежского монастыря, отбывавший наказание на Дальнем Востоке.
Единственному на территории Хабаровского края храму передали из Хабаровского краеведческого музея иконы, облачения из парчи и бархата, а из Хабаровской краевой научной библиотеки – богослужебные книги и богословскую литературу.

В храм потянулись жители даже самых удаленных уголков края. Людей сплачивало всенародное горе. Настоятель храма служил молебны о даровании победы над фашистами, панихиды об убиенных, а прихожане старались оказывать помощь фронту и семьям фронтовиков. Ими было собрано в фонд обороны 38259 рублей. На постройку танковой колонны «Дмитрий Донской» было собрано 25000 рублей, для помощи семьям фронтовиков 15860 рублей, за что настоятель храма и община получили благодарность Верховного Главнокомандующего.

На праздник Пасхи в 1945 году в церковь святого Александра Невского пришло около 5 тысяч человек, так что была заполнена церковь и прилегающие переулки.

15 мая 1945 года в городе состоялся Крестный ход от базы Амурской флотилии до городского кладбища в память о погибших в Великой Отечественной Войне дальневосточниках.
К началу 1945 года при церкви появился усадебный участок, обнесенный со стороны улицы забором, во дворе церкви маленькая сторожка.